La Organización y Funcionamiento general de la Escuela están regulados por el Reglamento de Régimen Interno del Centro, elaborado por Cruz Roja Española y aprobado por la Universidad Autónoma de Madrid.

El máximo órgano rector del Centro es la Junta de Gobierno de la Escuela, integrada por diez miembros representativos de todos los implicados: Cruz Roja Española, Universidad Autonóma de Madrid, profesorado y estudiantes. Es la responsable de aprobar las líneas generales de actuación en sus distintos ámbitos. Las personas que desempeñan la Gerencia y la Dirección de la Escuela son miembros natos de la misma.

La Dirección Ejecutiva de la Escuela está encomendada a la Gerencia y a la Dirección del Centro.
La Gerente es la máxima responsable de la buena marcha de la Escuela y le corresponde la gestión ordinaria en el gobierno y administración de la misma.

La Directora es la responsable de la organización académica y docente del Centro, contando con el apoyo para el desarrollo de sus funciones de tres Áreas de Coordinación: Estudios, Académica y de Calidad y Estudiantes y Relaciones Intrnacionales. 

La Junta de Centro es el órgano delegado de la Junta de Gobierno para la gestión ordinaria de la Escuela. La participación de toda la comunidad académica es la actividad del Centro se garantiza a través de tres Comisiones:

    - Comisión de Docencia: es un órgano delegado de la Junta de Centro para el asesoramiento de la Dirección y la participación de todos los integrantes de la vida académica de la Escuela. Entre sus funciones destacan la organización de las enseñanzas, el seguimiento de la actividad docente y el establecimiento de los criterios generales de evaluación.

    - Comisión de Calidad y del Seguimiento de la Titulación: es un órgano delegado de la Junta de Centro para el asesoramiento de la Dirección y la participación de todos los integrantes de la vida académica de la Escuela. Algunas de sus funciones son: elaborar los indicadores de calidad de la Titulación y con ellos hacer el seguimiento de la eficacia de los procesos, verificar la planificación del Sistema de Garantía Interno de Calidad y proponer la implantación de las propuestas de mejora del mismo.

    - Comisión de Estudiantes: es un órgano delegado de la Junta de Centro para el asesoramiento de la Dirección y la participación de todos los integrantes de la vida académica de la Escuela. Se encarga de, entre otras cosas, planificar y coordinar la información a los estudiantes, establecer los procedimientos de sugerencias, quejas y/o reclamaciones o establecer un plan de atención a los estudiantes.